Врховниот суд како највисок суд во државата, е надлежен:
- да решава во втор степен против одлуките на своите совети кога тоа е определено со закон;
- да решава во трет и последен степен по жалбите против одлуките на апелационите судови;
- да решава по вонредно правни лекови против правосилните одлуки на судовите и одлуките на своите совети кога тоа е определено со закон;
- да решава за судир на надлежност меѓу основните судови од подрачјето на различни апелациони судови, судир на надлежности меѓу апелационите судови, судир на надлежност меѓу Управниот суд и друг суд, судир на надлежност меѓу Вишиот управен суд и друг суд и да решава за месна надлежност кај овие судови;
- да одлучува по барање на странките и другите учесници во постапката за повреда на правото на судење во разумен рок, во постапка утврдена со закон пред судовите во Република Македонија во согласност со правилата и принципите утврдени со Европската конвенција на човекови права и
- да врши други работи определени со закон.
Својата функција да обезбедува единство во примената на законите од страна на судовите, Врховниот суд ја остварува меѓу другото и со:
- утврдува начелни ставови и начелни правни мислења по прашања, од значење за обезбедување на единство во примена на законите од страна на судовите, по сопствена иницијатива или по иницијатива на седниците на судиите или судските оддели од судовите и ги објавува на веб страницата на Врховниот суд на Република Македонија,
- дава мислења по предлози за закони и други прописи кога со нив се уредуваат прашања од значење за работа на судовите,
- разгледува прашања во врска со работата на судовите, примената на законите и судската практика,
- донесува Деловник за својата работа,
- донесува програма за работа на судот,
- поднесува предлог до Судскиот совет на Република Македонија за времено упатување на судија во друг суд,
- поднесува барање за поведување на дисциплинска постапка против судија,
- поднесува барање за поведување на постапка пред Судскиот совет на Република Македонија за утврдување на трајно загубена способност за вршење на судиска функција,
- именува состав на Советот за одлучување по жалби против решение на Судскиот совет за разрешување на судија или изречена дисциплинска мерка, согласно закон,
- решава по барања за заштита на законитоста против одлуките на своите совети,
- одлучува по барање за изземање на Претседателот на Врховниот суд на Република Македонија,
- го разгледува извештајот за својата работа и извештаите за работата на судовите во Република Македонија од аспект на ажурноста и квалитетот на работата, донесува заклучоци по нив и се грижи за нивно спроведување и
- врши и други работи утврдени со закон.